面对知识经济的发展对传统的企业组织结构带来的猛烈冲击，企业的组织结构可以朝以下几个方向进行创新：
1、组织结构扁平化。结构扁平化意味着企业打破部门之间的界限，能够把相关人员集合起来，按照市场机制去组织跨职能的工作。结构扁平化必然会大量减少企业的管理层次和管理人员的数量，依靠高效率、高速度提高企业的管理水平、降低管理费用。企业组织结构扁平化的趋势一方面是由于企业英特网的应用，使企业内外的信息传递更为方便、直接、高效，显著减少了企业原有不必要的管理层次；另一方面，由于电子商务的应用，使企业的相关部门都能更直接、有效地与客户接触、沟通，减少了决策与行动之间的延迟，加快对市场和竞争动态变化的反应，从而使组织的能力变得柔性化，反应更加灵敏。

2、组织决策的分散化。信息社会的发展，使企业过去高度集中的决策中心组织改变为分散的多中心决策组织。单一决策下容易形成的官僚主义、低效率、结构僵化、沟通壁垒等，都在多中心的组织模式下逐渐消失了。企业决策由跨部门、跨职能的多功能型的组织单元来制定。决策的分散化增强了员工的参与感和责任感，从而提高了决策的科学性和可操作性。管理大师彼得.F.德鲁克认为，未来的典型企业将是以知识为基础的，一个由大量根据来自同事、客户和上级反馈信息进行自主决策，自我管理的各类专家构成的组织。

3、运作虚拟化。在信息时代。企业的经营活动打破了时间和空间的界限，出现了一种类似于无边界的企业------虚拟企业。虚拟企业以核心企业为龙头，为实现某种市场机会，将拥有实现该机会所需资源的若干企业集结而成的一种网络化的动态组织。当市场机会不存在时，虚拟企业则自行解体。虚拟企业的主要特征是（1）、信息高速公路网络连接；（2）、成员间的相互信任与合作；（3）、成员企业具有核心能力；（4）、随市场机遇而存在；（5）、无严格的企业边界。
这种企业形式充分整合了面向网络的全球资源，达到了及时满足客户需求的目的但又未改变原成员企业的产权结构。它打破了企业之间、产业之间、地域之间和所有制之间的各种界限，把现有资源整合成为一种超越时空、利用电子手段传输信息的经营实体。虚拟企业可以是企业内部几个要素的组合，也可以是不同企业之间的要素组合，各参与方充分发挥各自的资源优势，围绕市场需求组织生产经营，做到资源共享、风险共担、利益共享。信息技术将使虚拟企业的运作效率越来越高，优势也会越来越明显